Sữa chua chứa nhiều vi khuẩn có lợi, giúp cân bằng hệ vi sinh đường ruột, phù hợp cho những người bị đầy hơi. Sữa chua có tác dụng điều hòa chuyển động ruột, giảm sự tích tụ khí và thức ăn, giúp ngăn ngừa táo bón và cải thiện quá trình tiêu hóa. Ngoài ra, lượng và nồng độ axit trong sữa chua không đáng kể so với axit trong dạ dày, do đó không làm tăng cường cảm giác đau. Vi khuẩn lên men trong sữa chua còn bám vào niêm mạc đường tiêu hóa và tiết ra chất kháng sinh tự nhiên, tăng cường miễn dịch, và ngăn chặn sự phát triển của các yếu tố gây đau dạ dày. Tuy nhiên, nên ăn sữa chua sau khi ăn bữa chính và không nên ăn khi đói. Cũng không nên ăn quá nhiều sữa chua trong một ngày. Phụ nữ mang thai có thể ăn sản phẩm sữa chua không đường.